Thứ nhất, Luật đã sửa đổi, bổ sung 106 điều luật liên quan đến sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy các cơ quan có thẩm quyền tiến hành tố tụng và các cơ quan có liên quan. Trong đó, sửa đổi, bổ sung các quy định liên quan đến tinh gọn, sắp xếp lại bộ máy Cơ quan điều tra từ mô hình 3 cấp (cấp bộ, cấp tỉnh và cấp huyện) chuyển thành 2 cấp (cấp bộ và cấp tỉnh); đồng thời, sửa đổi, bổ sung các quy định khác có liên quan đến hoạt động của lực lượng CAND như không tổ chức nhà tạm giữ, Cơ quan thi hành án hình sự Công an cấp huyện…
Bên cạnh đó, Luật đã sửa đổi, bổ sung các quy định liên quan đến tinh gọn, sắp xếp lại bộ máy Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Tòa án nhân dân tối cao từ mô hình 4 cấp (tối cao, cấp cao, cấp tỉnh, cấp huyện) thành 3 cấp (tối cao, cấp tỉnh và khu vực) và sửa đổi, bổ sung các quy định liên quan đến việc sắp xếp, điều chỉnh về tên gọi và bộ máy của Hải quan, Kiểm lâm, Kiểm ngư… để phù hợp với mô hình, tổ chức bộ máy mới.
Thứ hai, Luật bổ sung quy định Điều tra viên trung cấp, Điều tra viên cao cấp là Trưởng Công an cấp xã hoặc Phó Trưởng Công an cấp xã được Thủ trưởng Cơ quan điều tra cấp tỉnh phân công tiến hành hoạt động khởi tố, điều tra vụ án về tội ít nghiêm trọng, tội nghiêm trọng xảy ra trên địa bàn cấp xã có nhiệm vụ, quyền hạn như của Phó Thủ trưởng Cơ quan điều tra. Đồng thời, sửa đổi, bổ sung các quy định để Điều tra viên trung cấp, cao cấp là Trưởng Công an cấp xã sẽ có các thẩm quyền áp dụng các biện pháp ngăn chặn, biện pháp cưỡng chế giữ người trong trường hợp khẩn cấp, tạm giữ, bắt bị can để tạm giam…
Thứ ba, về các nội dung liên quan đến chuyển đổi số hoạt động của các cơ quan tiến hành tố tụng, để kịp thời triển khai Nghị quyết số 57-NQ/TW ngày 22/12/2024 của Bộ Chính trị về đột phá phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số quốc gia, Luật đã sửa đổi 4 điều của Bộ luật Tố tụng hình sự để bổ sung các quy định về chuyển đổi số hoạt động của các cơ quan tiến hành tố tụng. Theo đó, hồ sơ vụ án hình sự sẽ được số hóa và cho phép người có thẩm quyền tiến hành tố tụng được sử dụng chữ ký số để ký các văn bản tố tụng. Bên cạnh đó, Luật quy định việc thông báo văn bản tố tụng được trên phương tiện thông tin đại chúng, qua nền tảng số, phần mềm ứng dụng dùng chung triển khai tại Trung tâm dữ liệu quốc gia, cổng thông tin hoặc trang thông tin điện tử của cơ quan tiến hành tố tụng…
Thứ tư, Luật đã bổ sung thủ tục điều tra, truy tố trong trường hợp bị can vắng mặt. Thực tiễn thời gian qua xảy ra nhiều vụ án đặc biệt nghiêm trọng, gây thiệt hại rất lớn cho tài sản của nhà nước, cơ quan, tổ chức, cá nhân. Mặc dù, cơ quan tiến hành tố tụng có đủ chứng cứ chứng minh hành vi phạm tội, song do Bộ luật Tố tụng hình sự hiện hành mới chỉ có quy định cụ thể về xét xử vắng mặt, chưa có quy định cụ thể về trình tự, thủ tục này trong giai đoạn điều tra, truy tố dẫn đến khó khăn, vướng mắc trong việc xử lý vụ án cũng như thu hồi tài sản. Do đó, Luật bổ sung quy định Cơ quan điều tra kết luận điều tra đề nghị truy tố, Viện kiểm sát quyết định truy tố bị can khi đã có đủ căn cứ và bảo đảm quyền bào chữa cho bị can trong 2 trường hợp: Bị can bỏ trốn hoặc không biết bị can ở đâu và việc truy nã không có kết quả; bị can đang ở nước ngoài mà không thể triệu tập để phục vụ các hoạt động điều tra hoặc phục vụ các hoạt động nhằm quyết định việc truy tố. Với quy định này, trong thời gian tới sẽ có thể giảm các án tạm đình chỉ mà do bị can bị truy nã hoặc nhiều lý do khác nhau.
Thứ năm, Luật đã sửa đổi các thủ tục xem xét bản án tử hình trước khi thi hành. Theo đó, Luật đã sửa đổi quy định tại điểm e khoản 1 Điều 367 theo hướng về thủ tục, trong trường hợp không ân giảm thì cơ quan có thẩm quyền sẽ có văn bản thông báo về việc không có quyết định ân giảm của Chủ tịch nước. Quy định này thay cho trước đây là phải có quyết định bác đơn xin ân giảm của Chủ tịch nước. Đồng thời, bổ sung thời hạn Chủ tịch nước xét quyết định ân giảm đối với với người bị kết án tử hình là 1 năm.
Thứ 6, Luật đã bổ sung biện pháp giữ người trong trường hợp khẩn cấp trước khi có yêu cầu dẫn độ (Điều 506a) để giải quyết những vấn đề cấp bách của thực tiễn, đặc biệt là các nước có quan hệ hợp tác trong đấu tranh phòng, chống tội phạm với Việt Nam.
