Ban Quản lý Vườn quốc gia Bát Xát là đơn vị sự nghiệp công lập, có tư cách pháp nhân, con dấu riêng và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước. Đơn vị có chức năng quản lý, bảo vệ tính nguyên vẹn các hệ sinh thái rừng, bảo tồn đa dạng sinh học, nguồn gen sinh vật; nghiên cứu khoa học, giáo dục môi trường, bảo vệ môi trường; duy trì, ổn định nguồn nước gắn với phát triển du lịch sinh thái, cung ứng dịch vụ môi trường rừng, góp phần cải thiện đời sống Nhân dân vùng đệm, thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội và đảm bảo quốc phòng, an ninh trên địa bàn; quản lý, bảo tồn các di tích lịch sử, văn hóa và cảnh quan thiên nhiên trong Vườn quốc gia.
Ban Quản lý Vườn quốc gia Bát Xát thực hiện nhiệm vụ quản lý, bảo vệ, phát triển rừng, phòng cháy chữa cháy rừng, phòng trừ sinh vật gây hại rừng và bảo tồn đa dạng sinh học. Bảo vệ nguyên vẹn diện tích rừng tự nhiên; khoanh nuôi tái sinh phục hồi rừng; làm giàu rừng tự nhiên và nâng cao độ che phủ rừng gắn với phát triển tài nguyên sinh học bền vững.
Thực hiện chức năng phòng hộ đầu nguồn, phòng hộ môi trường, điều tiết nguồn nước, giảm thiểu xói mòn, lũ lụt, bảo vệ môi trường sinh thái, cung cấp ổn định nguồn nước cho sản xuất và đời sống vùng hạ lưu.
Đồng thời, thực hiện chương trình nghiên cứu khoa học và hợp tác quốc tế; hỗ trợ phát triển kinh tế - xã hội vùng đệm; phát triển du lịch sinh thái. Cung ứng dịch vụ và tổ chức các hoạt động tư vấn, sản xuất, kinh doanh trong các lĩnh vực: dịch vụ môi trường rừng, du lịch, nghỉ dưỡng, giải trí, nghiên cứu khoa học; chuyển giao ứng dụng, tiến bộ kỹ thuật; bảo vệ, phát triển rừng và các lĩnh vực khác theo quy định của pháp luật.
Về tổ chức bộ máy, Ban Quản lý Vườn quốc gia Bát Xát gồm giám đốc và các phó giám đốc; phòng hành chính - tổng hợp và phòng nghiệp vụ. Số lượng người làm việc và hợp đồng lao động được thực hiện theo quyết định của cấp có thẩm quyền, trên cơ sở đề án vị trí việc làm được phê duyệt.
UBND tỉnh giao Sở Nông nghiệp và Môi trường chỉ đạo tổ chức kiểm kê, bàn giao tài chính, tài sản, hồ sơ, phương tiện, trang thiết bị và các nội dung liên quan từ Ban Quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Bát Xát sang Ban Quản lý Vườn quốc gia Bát Xát; đồng thời hoàn thiện các thủ tục về tổ chức bộ máy, nhân sự, con dấu, tài khoản và đề án vị trí việc làm, bảo đảm đơn vị hoạt động ổn định, liên tục.
Ban Quản lý Vườn quốc gia Bát Xát chính thức hoạt động từ ngày 1/10/2026; trụ sở đặt tại thôn Dền Sáng, xã Dền Sáng, tỉnh Lào Cai.