Theo đề xuất của Ban Quản lý dự án 2 trình Bộ Xây dựng thẩm định Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi, dự án sử dụng vốn vay Ngân hàng Thế giới và vốn đối ứng trong nước để triển khai trên ba tuyến đường sắt Hà Nội - TP.HCM, Yên Viên - Lào Cai và Hà Nội - Đồng Đăng. Các vị trí được lựa chọn đều là những điểm giao cắt với quốc lộ trên địa bàn 9 tỉnh, thành phố.
Phương án được tư vấn đề xuất là xây dựng cầu vượt hoặc hầm chui để tạo nút giao khác mức, xóa bỏ các giao cắt đồng mức hiện hữu. Việc đầu tư này được kỳ vọng sẽ nâng cao an toàn chạy tàu, giảm chi phí vận hành đường ngang, hạn chế ùn tắc giao thông đường bộ khi tàu đi qua và giảm nguy cơ tai nạn trên các tuyến đường sắt trọng điểm, trong đó có tuyến Yên Viên - Lào Cai.
Tổng mức đầu tư dự kiến của dự án là khoảng 8.375 tỷ đồng (tương đương 320 triệu USD), trong đó vốn vay Ngân hàng Thế giới là 4.836 tỷ đồng, còn vốn đối ứng trong nước là 3.539 tỷ đồng. Dự án được đề xuất triển khai trong giai đoạn 2026 - 2030, với kế hoạch bố trí vốn trong 5 năm kể từ khi hiệp định tài trợ có hiệu lực.