Một trong các điểm mới quan trọng, đó là Nghị định 95/2023/NĐ-CP đã dành một điều giải thích các từ ngữ về công trình tín ngưỡng, công trình tôn giáo, công trình phụ trợ, giấy tờ chứng minh có địa điểm hợp pháp. Nghị định mới này cũng bổ sung các quy định về thay đổi người đại diện, thay đổi địa điểm sinh hoạt tôn giáo tập trung của người nước ngoài cư trú hợp pháp tại Việt Nam; đình chỉ toàn bộ hoạt động tôn giáo của tổ chức tôn giáo, tổ chức tôn giáo trực thuộc; đình chỉ hoạt động đào tạo của cơ sở đào tạo tôn giáo; phục hồi hoạt động của tổ chức tôn giáo, tổ chức tôn giáo trực thuộc; phục hồi hoạt động của cơ sở đào tạo tôn giáo; việc xác định công trình phụ trợ được miễn giấy phép xây dựng; tiếp nhận tài trợ của tổ chức, cá nhân nước ngoài; hình thức tổ chức hoạt động tôn giáo, hoạt động quyên góp, tiếp nhận tài trợ; tiếp nhận hồ sơ; phân cấp, ủy quyền…
Theo TS.Phạm Huy Thông, chuyên gia nghiên cứu về Tôn giáo và chính sách Tôn giáo, Nghị định 95/2023/NĐ-CP sát với thực tiễn hơn; nội dung các quy định tường minh hơn và thuận lợi cho hoạt động của các tôn giáo, cho công tác quản lý trên thực tế. Ví dụ như, theo quy định mới, cơ sở sinh hoạt tôn giáo không nhất thiết phải là của tôn giáo mà có thể là cơ sở, địa điểm mà tôn giáo thuê, mượn của người dân, tổ chức nào đó; Nghị định 95/2023/NĐ-CP cũng quy định rõ việc quyên góp, nhận tiền từ nước ngoài giúp cho các tôn giáo phục vụ sinh hoạt tôn giáo như xây, sửa nhà thờ, in ấn kinh sách... Một điểm mới nữa thể hiện nhất quán, đảm bảo quyền tôn giáo của con người, đó là Nghị định 95/2023-NĐ/CP đã hướng dẫn cụ thể cho việc người bị tạm giam, tạm giữ có thể dùng kinh sách tôn giáo, được thể hiện niềm tin tôn giáo của mình tại cơ sở tạm giam, tạm giữ.
