Thông tư được xây dựng nhằm cụ thể hóa các chủ trương của Đảng, Nhà nước về phát triển giáo dục tại khu vực biên giới, trong đó có chủ trương đầu tư xây dựng trường học cho các xã biên giới, được nhấn mạnh tại các Nghị quyết số 71-NQ/TW, Nghị quyết số 281/NQ-CP, Nghị quyết số 298/NQ-CP.
Việc ban hành Thông tư cũng tạo hành lang pháp lý thống nhất cho tổ chức và vận hành mô hình trường phổ thông nội trú; góp phần bảo đảm cơ hội học tập cho học sinh tại các xã biên giới, nâng cao chất lượng nguồn nhân lực địa phương, đồng thời tăng cường quốc phòng, an ninh khu vực biên giới.
Thông tư 12 quy định toàn diện các nội dung về tổ chức và hoạt động của trường phổ thông nội trú bao gồm: nhiệm vụ và quyền hạn của nhà trường; cơ cấu tổ chức; quản lý hoạt động giáo dục; đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên và nhân sự hỗ trợ; học sinh; cơ sở vật chất; tài chính; mối quan hệ giữa nhà trường, gia đình và xã hội.
Theo quy định, trường phổ thông nội trú là loại hình trường chuyên biệt do Nhà nước thành lập tại các xã biên giới đất liền nhằm tạo điều kiện học tập cho học sinh khu vực này, thúc đẩy công bằng trong tiếp cận giáo dục và phát triển nguồn nhân lực cho địa phương.
Thông tư quy định hệ thống trường phổ thông nội trú gồm: trường phổ thông nội trú Tiểu học và Trung học Cơ sở; trường phổ thông nội trú Trung học Cơ sở và Trung học Phổ thông; trường phổ thông nội trú liên cấp từ Tiểu học đến Trung học Phổ thông.
Về phân cấp quản lý, trường phổ thông nội trú Tiểu học và Trung học Cơ sở do Chủ tịch UBND cấp xã quyết định thành lập, UBND cấp xã quản lý. Trường phổ thông nội trú có cấp học cao nhất là Trung học Phổ thông do Chủ tịch UBND cấp tỉnh quyết định thành lập, Sở Giáo dục và Đào tạo quản lý.
Sở Giáo dục và Đào tạo chủ trì, phối hợp với UBND cấp xã xây dựng nội dung phối hợp trong công tác quản lý và tổ chức các hoạt động giáo dục đối với trường phổ thông nội trú.
Về cơ cấu tổ chức, ngoài tổ chức theo Điều lệ trường phổ thông, trường phổ thông nội trú được phép thành lập tối đa 3 tổ giáo dục đặc thù. Các tổ giáo dục đặc thù có nhiệm vụ hỗ trợ hiệu trưởng trong công tác giáo dục, quản lý, chăm sóc, nuôi dưỡng học sinh nội trú và bán trú buổi trưa.
Thông tư 12 quy định đối tượng tuyển sinh là học sinh trong độ tuổi theo quy định đối với từng cấp học; thường trú tại xã biên giới nơi trường đặt trụ sở hoặc tại các xã biên giới liền kề hoặc là con cán bộ, công chức, viên chức, lực lượng vũ trang đang công tác tại xã biên giới. Đồng thời, quy định cụ thể thứ tự ưu tiên trong tuyển sinh học sinh nội trú. Trường hợp xét đến thứ tự ưu tiên nào mà số học sinh đăng ký học sinh nội trú nhiều hơn chỉ tiêu còn lại thì trường phổ thông nội trú thực hiện tuyển sinh theo tiêu chí do Sở Giáo dục và Đào tạo hướng dẫn. Trường phổ thông nội trú có thể tuyển sinh học sinh nước láng giềng khi được cấp có thẩm quyền giao nhiệm vụ theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh thực hiện chương trình giáo dục phổ thông do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành, thực hiện khung kế hoạch thời gian năm học theo quy định phù hợp với điều kiện cụ thể của địa phương và nhà trường, trường phổ thông nội trú còn thực hiện các hoạt động giáo dục đặc thù.
Về quy mô, địa điểm, Thông tư 12 quy định địa điểm xây dựng trường phổ thông nội trú phải bảo đảm khai thác tối đa điều kiện tự nhiên; có khả năng ứng phó thiên tai (sạt lở đất, bão, lũ) và tác động của biến đổi khí hậu (nắng, gió, nhiệt độ); đồng thời, bảo đảm hạ tầng kỹ thuật có liên quan như điện, nước sạch, nước thải, giao thông, viễn thông.
Tổng diện tích đất xây dựng mỗi trường từ 5ha đến 10ha, quy mô khoảng 30 lớp/trường, tương ứng với khoảng 1.000 học sinh/trường. Tuy nhiên, quy mô, diện tích xây dựng phải bảo đảm phù hợp với điều kiện thực tế và khả năng đáp ứng của cơ sở vật chất tại từng địa phương.
