Trên cơ sở diễn biến thực tế tại phần thẩm vấn và tranh luận tại tòa, Viện Kiểm sát đã đưa ra các cơ sở buộc tội, phân tích chứng cứ lời khai và chứng cứ vật chất, qua đó kết luận có căn cứ xác định bị cáo Trịnh Xuân Thanh phạm tội "Tham ô tài sản."
Đối đáp nhằm làm rõ hành vi tham ô tài sản của các bị cáo, đại diện Viện Kiểm sát cho biết đã có 9/10 bị cáo trong nhóm tội "Tham ô tài sản” nhận tội, thừa nhận việc bị truy tố về tội tham ô tài sản là có căn cứ, đúng pháp luật. Chỉ riêng bị cáo Trịnh Xuân Thanh là không nhận tội.
Một số luật sư bào chữa cho Trịnh Xuân Thanh và bản thân bị cáo Trịnh Xuân Thanh cũng cho rằng bị cáo không phạm tội tham ô tài sản, có chăng chỉ là hành vi thiếu trách nhiệm, gắn với trách nhiệm của người đứng đầu.
Các luật sư cho rằng không có chứng cứ xác định bị cáo Thanh chủ mưu, chỉ đạo cấp dưới tham ô tài sản; chứng cứ xác định bị cáo Trịnh Xuân Thanh chiếm hưởng 4 tỷ đồng không đảm bảo căn cứ vững chắc. Nếu có việc lái xe Nguyễn Đặng Toàn (lái xe của Trịnh Xuân Thanh) đưa cho bị cáo Trịnh Xuân Thanh một túi đồ thì không thể coi đó là túi tiền; bị cáo Trịnh Xuân Thanh không thể nhận túi đồ do Nguyễn Đặng Toàn đưa cho trong khoảng 15 giờ ngày 13/1/2012 vì 16 giờ chiều hôm đó bị cáo Trịnh Xuân Thanh có chuyến bay từ Hà Nội vào Thành phố Hồ Chí Minh.
Việc quy trách nhiệm bị cáo Trịnh Xuân Thanh cùng với các bị cáo Vũ Đức Thuận (nguyên Tổng Giám đốc PVC), Nguyễn Anh Minh (nguyên Phó Tổng Giám đốc PVC), Bùi Mạnh Hiển (nguyên Chánh Văn phòng PVC) phải chịu trách nhiệm chung số tiền 1,5 tỷ đồng là không đủ cơ sở, thậm chí các luật sư còn nghi ngờ có sự sắp đặt đổ tội cho bị cáo Trịnh Xuân Thanh...
Về nội dung này, đại diện Viện Kiểm sát đã đưa ra những chứng cứ lời khai và chứng cứ vật chất, cũng như quan điểm đánh giá chứng cứ để làm rõ hành vi tham ô tài sản của bị cáo Trịnh Xuân Thanh.
Cụ thể, các bị cáo Vũ Đức Thuận, Nguyễn Anh Minh, Bùi Mạnh Hiển đều khai nhận Trịnh Xuân Thanh và Vũ Đức Thuận trao đổi thống nhất chủ trương yêu cầu các đơn vị trực thuộc, các đơn vị thành viên lo nguồn tiền (được hợp thức bằng hồ sơ, chứng từ khống) chuyển về Văn phòng PVC thông qua đầu mối đôn đốc tiếp nhận, quản lý là bị cáo Hiển. Chủ trương này được nhắc lại trong một số cuộc họp giao ban có sự tham gia và đồng chủ trì cuộc họp của bị cáo Thanh, bị cáo Thuận.
Khai tại tòa, các bị cáo Lương Văn Hòa (nguyên Giám đốc Ban điều hành Dự án Vũng Áng-Quảng Trạch), Nguyễn Anh Minh, Vũ Đức Thuận, Bùi Mạnh Hiển tiếp tục khẳng định bị cáo Trịnh Xuân Thanh là người đề ra chủ trương lập quỹ đối nội, đối ngoại.
Quá trình thực hiện chủ trương trên, thời gian đầu tháng 1/2012, để có tiền sử dụng cá nhân trong dịp Tết Nguyên đán năm 2012, ngay tại phòng làm việc của bị cáo Thanh cùng với sự có mặt của bị cáo Thuận, bị cáo Thanh đã trực tiếp chỉ đạo Nguyễn Anh Minh yêu cầu Lương Văn Hòa lo 5 tỷ đồng để Thanh sử dụng trong dịp Tết.
Sau khi Nguyễn Anh Minh, Lương Văn Hòa và các đồng phạm đã hợp thức hồ sơ khống để rút và chiếm đoạt tiền, khoảng tháng 8/2013, phát hiện đối với hạng mục xây dựng tại Dự án Quảng Trạch đòi hỏi phải có quyết định phê duyệt chủ trương của Hội đồng quản trị, bị cáo Nguyễn Anh Minh đã chỉ đạo các ban chuyên môn lập tiếp các thủ tục phê duyệt chủ trương bằng việc xây dựng tờ trình để Nguyễn Anh Minh ký, xin ý kiến Hội đồng quản trị.
Nguyễn Anh Minh đã trực tiếp cầm phiếu lấy ý kiến Hội đồng quản trị số 1034/HĐQT-XLDK ngày 14/12/2011 gặp Trịnh Xuân Thanh và Trịnh Xuân Thanh đã cho ý kiến "đồng ý”. Tương tự, bị cáo Vũ Đức Thuận cũng cho ý kiến "đồng ý” vào phiếu này. Cơ quan điều tra đã xác minh tại PVC, qua kiểm tra, rà soát trên hệ thống lưu trữ văn bản điện tử của PVC không thấy thể hiện có phiếu lấy ý kiến trên hệ thống.
Các bị cáo Nguyễn Anh Minh, Lương Văn Hòa và Hưng đều khai việc xin ý kiến phê duyệt chủ trương trên đã được diễn ra vào khoảng tháng 7, 8/2013.
Điều đó chứng minh các bị cáo Trịnh Xuân Thanh và Vũ Đức Thuận không chỉ chủ mưu, đề ra chủ trương mà còn nhận thức rõ Nguyễn Anh Minh, Lương Văn Hòa và các đồng phạm muốn chiếm đoạt được tài sản thì phải hợp thức hồ sơ, chứng từ, thậm chí hai bị cáo đã trực tiếp tham gia vào việc hợp thức thủ tục với ý định hoàn tất các thủ tục, chứng từ cho việc chiếm đoạt tài sản. Theo Viện Kiểm sát, đây chính là những chứng cứ vật chất, nhưng các luật sư đã không quan tâm đánh giá đầy đủ khi phân tích luận điểm của mình.
Đối với hành vi tham ô số tiền 4 tỷ đồng, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định, mặc dù các luật sư cho rằng lời khai của các lái xe Nguyễn Đặng Toàn và Nguyễn Văn Kế (lái xe của Nguyễn Anh Minh), lời khai của bị cáo Lương Văn Hòa, Nguyễn Anh Minh, còn có nhiều mâu thuẫn về mặt thời gian. Thêm vào đó, vụ án đã xảy ra cách đây khá lâu (6 năm), việc khám phá thông qua truy xét, thẩm vấn các nhân chứng do các mối liên hệ gần gũi giữa các bị cáo và gia đình của họ, nên đã né tránh hoặc sợ bị liên lụy.
Tuy nhiên, theo đại diện Viện Kiểm sát, những chứng cứ đã nêu rõ ràng có sự liên kết, logic với nhau, kết hợp giữa chứng cứ lời khai và chứng cứ vật chất, có đủ căn cứ xác định bị cáo Thanh là người đề ra chủ trương, cùng Vũ Đức Thuận chỉ đạo cấp dưới hợp thức hồ sơ, chứng từ nhằm chiếm đoạt tài sản, để bị cáo Thanh và bị cáo Thuận quyết định việc sử dụng. Trong đó, bị cáo Trịnh Xuân Thanh đã nhận và chiếm hưởng số tiền 4 tỷ đồng như đã phân tích ở trên.
