Ngày 7/9, Chính phủ ban hành Nghị quyết 264, đồng ý chuyển giao nguyên trạng Khu liên hợp thể thao quốc gia về Bộ Quốc phòng quản lý và một phần diện tích đất nằm trong quy hoạch tại đây cho TP Hà Nội. Việc bàn giao, tiếp nhận phải hoàn thành trước ngày 1/10. Từ thời điểm này, Bộ Quốc phòng trực tiếp quản lý Khu liên hợp thể thao quốc gia.
Theo phương án chuyển giao, Bộ Quốc phòng quản lý sân vận động trung tâm Mỹ Đình, khu sân tập bóng đá, trụ sở Khu liên hợp, hạ tầng giao thông nội khu, Cung thể thao dưới nước, khu đua xe đạp lòng chảo, công viên cây xanh, khu khách sạn, dịch vụ thể thao và văn phòng cho thuê, Học viện đào tạo golf quốc gia, khu thể thao trong nhà, khu thể thao xử lý kỹ thuật và hai bãi đỗ xe Mỹ Đình 1, 2.
TP Hà Nội quản lý một phần diện tích đất trong quy hoạch Khu liên hợp, gồm khu khách sạn, dịch vụ thể thao, trụ sở Ủy ban Olympic và các liên đoàn; khu thi đấu quần vợt; công viên cây xanh; hồ điều hòa; Trung tâm báo chí, truyền thanh, truyền hình; đất kênh mương, thoát nước; đường giao thông và quảng trường.
Thành phố được giao đầu tư tuyến đường kết nối phố Vũ Quỳnh với đường Lê Đức Thọ - Phạm Hùng theo quy hoạch được duyệt.
Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch có trách nhiệm phối hợp với Bộ Quốc phòng, TP Hà Nội và các cơ quan liên quan trình Thủ tướng quyết định việc chuyển giao trước ngày 15/9.
Sau khi có quyết định của Thủ tướng, Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch bàn giao nguyên trạng tổ chức bộ máy, nhân sự, tài sản, tài chính, tài liệu, các quyền và nghĩa vụ liên quan, hoạt động, nhiệm vụ, công việc cùng các dự án đầu tư công đã và đang thực hiện tại Khu liên hợp cho Bộ Quốc phòng.
Trong quá trình chuyển giao, Cục Thể dục thể thao Việt Nam tiếp tục trực tiếp quản lý. Khu liên hợp vẫn thực hiện chức năng, nhiệm vụ và sử dụng con dấu hiện nay cho đến khi Bộ Quốc phòng hoàn thành tiếp nhận và ban hành quy định về tổ chức theo mô hình quản lý mới.
Bộ Quốc phòng có trách nhiệm bố trí ngân sách để hoạt động của Khu liên hợp không bị gián đoạn sau khi tiếp nhận; đồng thời phối hợp xử lý các nghĩa vụ và vấn đề liên quan đến trách nhiệm pháp lý của đơn vị.
Hà Nội tiếp nhận phần diện tích đất theo phương án được phê duyệt, xây dựng phương án quản lý, sử dụng đúng mục đích, tiết kiệm, hiệu quả và phù hợp quy hoạch. Thành phố cũng có trách nhiệm rà soát hiện trạng sử dụng đất, xác định ranh giới, diện tích, mốc giới, hồ sơ địa chính và phối hợp xử lý các tồn tại về đất đai, xây dựng, nghĩa vụ tài chính.
Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình được khởi công quý I/2002 và khánh thành tháng 9/2003, với hai hạng mục chính là sân vận động Mỹ Đình và Cung thể thao dưới nước. Sân Mỹ Đình có sức chứa khoảng 40.000 người, được xây dựng với kinh phí gần 53 triệu USD.
Nhiều năm sau khi đưa vào sử dụng, Khu liên hợp phát sinh các vấn đề về quản lý, khai thác tài sản công và nghĩa vụ tài chính. Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ và Kiểm toán Nhà nước, đơn vị từng tự ý cho thuê mặt bằng, không đấu giá và công khai mức giá; chưa kê khai, nộp tiền thuê đất đối với các hợp đồng cho thuê mặt bằng ngắn và dài hạn. Việc cho thuê đất giá thấp so với thị trường được xác định gây thất thoát hàng trăm tỷ đồng của Nhà nước.
Đầu năm 2024, Bộ trưởng Văn hóa Thể thao và Du lịch Nguyễn Văn Hùng cho biết nợ thuế và tiền chậm nộp của Khu liên hợp đã lên khoảng 1.000 tỷ đồng và đơn vị không còn khả năng thanh toán. Cùng thời điểm, cơ sở vật chất tại đây được phản ánh xuống cấp, nguồn thu không đủ bù chi phí thường xuyên, duy tu và bảo dưỡng.
