Cùng phạm tội nhận hối lộ với Trần Minh Thượng còn có Nguyễn Văn Cường, nguyên cán bộ Chi cục Hải quan cửa khẩu Mường Khương.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh: Khoảng 19 giờ 30 phút ngày 18/7/2012, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an đã bắt quả tang Trần Minh Thượng có hành vi nhận tiền hối lộ của bà Nguyễn Phương Hoa, Giám đốc Công ty TNHH Khánh Minh với tổng số tiền thu giữ là 169 triệu đồng và 1 tờ giấy khổ A4 trong đó có ghi số lượng container đã tái xuất và số tiền phải đưa là 169 triệu đồng.
Theo quy định thì Chi cục Hải quan cửa khẩu Mường Khương là đơn vị có trách nhiệm kiểm tra thủ tục hải quan, giám sát và cho thông quan đối với hàng hóa tạm nhập, tái xuất qua cửa khẩu Mường Khương. Khoảng cuối tháng 4/2012, bà Nguyễn Phương Hoa, Giám đốc Công ty TNHH Khánh Minh có địa chỉ tại số 105, đường Ngô Văn Sở, phường Phố Mới, thành phố Lào Cai đến Chi cục Hải quan Cửa khẩu Mường Khương gặp Trần Minh Thượng và đặt vấn đề: Công ty TNHH Khánh Minh làm dịch vụ cho một số đơn vị có hàng tạm nhập, tái xuất qua cửa khẩu Mường Khương. Do các chủ hàng của Trung Quốc thường nhận hàng ngoài giờ hành chính, nên bà Hoa đề nghị Thượng tạo điều kiện giúp đỡ, Thượng đồng ý sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp xuất hàng cả trong và ngoài giờ hành chính, với điều kiện bà Hoa phải đưa tiền riêng cho Thượng theo mức 1 triệu đồng/container hàng đông lạnh, hàng tạp hóa; 3 triệu đồng/xe hàng đường kính (gồm 2 container loại nhỏ) và đưa cho chi cục 2 triệu đồng/container hàng hóa, 1 xe hàng đường kính. Bà Hoa đã chấp nhận yêu cầu của Trần Minh Thượng.
Trần Minh Thượng chỉ đạo Nguyễn Văn Cường, cán bộ Chi cục Hải quan cửa khẩu Mường Khương có nhiệm vụ tiếp nhận hồ sơ hải quan và nghiên cứu ngay các hồ sơ hải quan do Công ty TNHH Khánh Minh nộp để trình lãnh đạo chi cục, đồng thời giao cho Cường theo dõi số lượng container hàng hóa thực xuất và nhận tiền do Công ty TNHH Khánh Minh đưa và báo cáo lại cho Thượng biết. Thượng chỉ đạo các cán bộ giám sát thực xuất tại cửa khẩu tạo điều kiện để cho hàng do Công ty TNHH Khánh Minh làm thủ tục được xuất đi thuận lợi, nhanh chóng qua cửa khẩu.
Từ ngày 30/4/2012 đến ngày 11/6/2012, Công ty TNHH Khánh Minh đã làm dịch vụ xuất hàng tạm nhập, tái xuất qua cửa khẩu Mường Khương được 468 container hàng đông lạnh, hàng tạp hóa; 5 xe hàng đường kính (mỗi xe 2 container loại nhỏ) cho 9 công ty. Bà Nguyễn Phương Hoa đã cho Nguyễn Thế Anh, nhân viên Công ty TNHH Khánh Minh (là em ruột) đưa cho Trần Minh Thượng tổng số tiền 314 triệu đồng.
Do Trần Minh Thượng tiếp tục đòi khoản tiền chưa đưa theo thoả thuận, nên ngày 10/7/2012, bà Nguyễn Phương Hoa và Nguyễn Thế Anh đã đến Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an tố cáo Trần Minh Thượng, Chi cục trưởng Hải quan cửa khẩu Mường Khương đòi tiền hối lộ khi Công ty TNHH Khánh Minh làm thủ tục hải quan hàng tạm nhập, tái xuất sang Trung Quốc cho một số doanh nghiệp và tố cáo Thượng đã nhận hối lộ 314 triệu đồng...
Tòa án nhân dân tỉnh Lào Cai tuyên phạt 2 bị cáo về tội nhận hối lộ: Trần Minh Thượng 20 năm tù giam và 394 triệu đồng; Nguyễn Văn Cường 12 năm tù giam và 120 triệu đồng sung công quỹ nhà nước.