Ngoài ra, Ngân hàng TMCP Quốc Dân cũng gửi đơn kháng cáo bản án sơ thẩm.
Hành vi chiếm đoạt của bị án Huỳnh Thị Huyền Như (nguyên quyền Trưởng phòng Giao dịch Điện Biên Phủ - Ngân hàng VietinBank chi nhánh TPHCM) xảy ra sau khi 200 tỷ đồng tiền gửi đã vào tài khoản. Những hành vi, kể cả những thiếu sót, sai phạm của các cán bộ, nhân viên Navibank (nếu có) cũng không phải là nguyên nhân trực tiếp gây ra thiệt hại, mất mát liên quan số tiền 200 tỷ đồng tiền gửi gốc tại VietinBank.
Ngoài ra, Ngân hàng TMCP Quốc Dân cũng cho rằng việc tòa án tuyên buộc Navibank phải nộp lại số tiền lãi ngoài hợp đồng (24,3 tỷ đồng) mà Navibank được hưởng từ các hợp đồng tiền gửi tại VietinBank để sung công quỹ Nhà nước là vi phạm quy định về giới hạn việc xét xử.