Theo thống kê của Tổng cục Thuế, từ ngày 1/1/2022 đến ngày 17/5/2023, số hồ sơ cơ quan thuế đã giải quyết hoàn thuế là 4.760 hồ sơ, tương ứng số tiền đã được hoàn là 19.100 tỷ đồng.
Cùng với đó, số hồ sơ doanh nghiệp hủy đề nghị hoàn là 215 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 1.514 tỷ đồng do doanh nghiệp sau khi gửi hồ sơ đề nghị hoàn thì tự rà soát, đối chiếu với quy định về hoàn thuế nhận thấy hồ sơ của doanh nghiệp bị thiếu, kê khai sai, cần điều chỉnh số liệu... cần thời gian để xem xét lại hồ sơ, sổ sách chứng từ.
Số hồ sơ cơ quan thuế từ chối đề nghị hoàn 44 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 310 tỷ đồng. Nguyên nhân từ chối là do cơ quan thuế rà soát đối chiếu theo quy định của pháp luật thì thấy doanh nghiệp nộp hồ sơ thiếu, sai mẫu hồ sơ đề nghị hoàn, hồ sơ đề nghị hoàn không đủ thủ tục...
Tổng cục Thuế cũng cho biết, số hồ sơ đề nghị hoàn chưa được cơ quan thuế giải quyết là 199 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 1.119 tỷ đồng. Con số này chiếm tỷ lệ 4,18% so với tổng số hồ sơ cơ quan thuế đã giải quyết hoàn (199/4.760 hồ sơ) do nhiều nguyên nhân như: do hồ sơ đang trong thời gian giải quyết theo quy định; doanh nghiệp đã được chuyển hồ sơ sang cơ quan công an để điều tra, xác minh; do doanh nghiệp xin tạm dừng, hoãn thời gian kiểm tra; do doanh nghiệp chưa cung cấp đủ hồ sơ tài liệu số liệu, do đang chờ kết quả xác minh...
Theo Tổng cục Thuế, trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, đối với các hồ sơ cần thực hiện xác minh, cơ quan thuế chủ yếu xác minh đến doanh nghiệp trung gian bán hàng trực tiếp cho doanh nghiệp hoàn thuế (doanh nghiệp F1).
Trong 548 hồ sơ cơ quan thuế thực hiện xác minh các doanh nghiệp trung gian, có 490 hồ sơ xác minh đến doanh nghiệp trung gian F1 (chiếm tỷ lệ 89,4% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh), 45 hồ sơ xác minh đến doanh nghiệp trung gian F2 (chiếm tỷ lệ 8,2% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh), 3 hồ sơ xác minh đến doanh nghiệp trung gian F3 (chiếm tỷ lệ 0,55% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh), 5 hồ sơ xác minh đến doanh nghiệp trung gian F4 (chiếm tỷ lệ 0,95% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh), 5 hồ sơ xác minh đến doanh nghiệp trung gian cuối cùng (người dân, hộ trồng rừng) (chiếm tỷ lệ 0,9% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh).
Tổng cục Thuế cho biết, qua rà soát thông tin dữ liệu tổng thể của cả ngành Thuế đối với các doanh nghiệp kinh doanh mặt hàng gỗ và sản phẩm từ gỗ, có đến 7.609 doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh, tạm dừng hoạt động. Đặc biệt, trong những doanh nghiệp này, có 24 doanh nghiệp nằm trong vụ án đã khởi tố, điều tra về tội mua bán hóa đơn bất hợp pháp thời gian qua.
Trong năm 2022 và 5 tháng đầu năm 2023, cơ quan thuế đã chuyển hồ sơ của 9 doanh nghiệp trực tiếp đề nghị hoàn thuế GTGT mặt hàng gỗ và sản phẩm làm từ gỗ, dăm gỗ, viên nén gỗ sang cơ quan Công an để phối hợp điều tra, xác minh (không kể các doanh nghiệp trung gian bán hàng cho doanh nghiệp hoàn thuế nêu trên). Nguyên nhân do doanh nghiệp có dấu hiệu sử dụng hoá đơn khống để hoàn thuế, doanh nghiệp mua hàng của doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế.
