Trong đó, bị can Đoàn Văn Huấn (Chủ tịch Công ty Thái Dương) bị đề nghị truy tố về 3 tội danh “Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên”, “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” và “Gây ô nhiễm môi trường”.
Cựu Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Nguyễn Linh Ngọc bị đề nghị truy tố tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”. Một số bị can khác tại Bộ Tài nguyên và Môi trường bị đề nghị truy tố tội danh trên như: Nguyễn Văn Thuấn (cựu Tổng cục trưởng Tổng cục Địa chất và Khoáng sản); Hoàng Văn Khoa (cựu Vụ trưởng Vụ Khoáng sản)...
Cựu Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái Hồ Đức Hợp cũng bị đề nghị truy tố về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Các bị can còn lại trong vụ án bị điều tra về các tội: Buôn lậu; Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có; Gây ô nhiễm môi trường; Vi phạm quy định kế toán…
Theo kết luận điều tra, năm 2013, một số lãnh đạo, cán bộ Bộ Tài nguyên và Môi trường có vi phạm trong việc cấp giấy phép khai thác khoáng sản cho Công ty Thái Dương. Nhóm cán bộ thuộc Tổng cục Địa chất và Khoáng sản được giao nhiệm vụ thẩm định hồ sơ, đứng đầu là bị can Nguyễn Văn Thuấn biết Công ty Thái Dương không đủ điều kiện nhưng vẫn đề xuất lãnh đạo Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp giấy phép.
Sau đó, cựu Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Nguyễn Linh Ngọc là người ký giấy phép này. Quá trình này, cựu Thứ trưởng khẳng định không được hưởng lợi gì từ Đoàn Văn Huấn (Chủ tịch Công ty Thái Dương) nhưng thừa nhận hành vi của mình là một trong những nguyên nhân dẫn đến việc Công ty Thái Dương khai thác trái phép đất hiếm, gây thất thoát hơn 864 tỷ đồng. Trong khi đó, Nguyễn Văn Thuấn khai nhận đã được Chủ tịch Công ty Thái Dương "cảm ơn" 500 triệu đồng.
Tại tỉnh Yên Bái, kết quả điều tra cho thấy sau khi được cấp phép, Công ty Thái Dương không thực hiện đúng các nội dung theo quy định, đặc biệt là không tinh luyện quặng đất hiếm trước khi bán mà tiêu thụ quặng thô. Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái biết những sai phạm của Công ty Thái Dương nhưng không tổ chức thanh tra, kiểm tra; không có biện pháp xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý để ngăn chặn, chấn chỉnh.
Năm 2021, khi Công ty Thái Dương làm thủ tục xin gia hạn giấy phép khai thác khoáng sản, bị can Hồ Đức Hợp, khi đó là Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường, đã báo cáo không trung thực tới UBND tỉnh, che giấu sai phạm của doanh nghiệp. Do vậy, Công ty Thái Dương tiếp tục khai thác trái phép đất hiếm.
