Tại các bảng đấu còn lại, bảng A gồm chủ nhà Indonesia, Malaysia và Timor-Leste. Trong khi đó, bảng C được đánh giá là bảng đấu hấp dẫn khi quy tụ các đội mạnh gồm Thái Lan, Singapore và Australia.
Căn cứ thành tích ở mùa giải gần nhất (2019), được xếp vào nhóm hạt giống số 1, cùng với chủ nhà Indonesia và Thái Lan.
Nhóm hạt giống số 2 gồm Malaysia, Myanmar, Singapore. Nhóm cuối cùng gồm Campuchia cùng hai đội lần đầu tham dự giải là Timor-Leste và Australia, thay cho sự vắng mặt của Lào và Philippines.
Trở lại sau 5 năm gián đoạn, giải U16 nữ Đông Nam Á 2025 vẫn duy trì số lượng 9 đội tham dự như các mùa giải 2017, 2018, 2019. Khác với thể thức trước đây, các đội năm nay được chia thành 3 bảng, thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng.
Ba đội nhất bảng và đội nhì bảng có thành tích tốt nhất sẽ giành quyền vào bán kết. Giải đấu sẽ diễn ra từ ngày 18/8 đến 30/8 tại Indonesia.
Để chuẩn bị cho giải đấu, đội tuyển U16 nữ Việt Nam sẽ chính thức tập trung từ ngày 23/7 tại Trung tâm Đào tạo Bóng đá trẻ Việt Nam (Hà Nội) dưới sự dẫn dắt của huấn luyện viên trưởng người Nhật Bản Okiyama Masahiko.
Danh sách tập trung gồm đến từ các địa phương Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Hà Nam, Thái Nguyên và 2 vận động viên thuộc lực lượng dự tuyển nữ trẻ của Liên đoàn Bóng đá Việt Nam.
