Ngày 28/4/1959, tổ chức Công an nhân dân vũ trang, tiền thân của Bộ đội Biên phòng Lào Cai được thành lập, gồm các ban: Tham mưu, Chính trị, Hậu cần. Hệ thống cấp dưới trực thuộc có Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang huyện Sa Pa, Bắc Hà và 3 phân đội trực thuộc.
Cùng với việc bàn giao quân số, Tỉnh đội Lào Cai cũng tiến hành bàn giao các mục tiêu bảo vệ cho Công an nhân dân vũ trang. Tháng 5/1959 đã thành lập được 6 đồn biên phòng dọc theo tuyến biên giới, bao gồm các đồn biên phòng: Y Tý, Bát Xát, Pha Long, Mường Khương, Si Ma Cai, Cửa khẩu Quốc tế Lào Cai và 2 trạm kiểm soát Biên phòng Cửa khẩu Quốc tế Lào Cai và ga Phố Mới.
Để kịp thời có tổ chức đảng lãnh đạo trực tiếp với Công an nhân dân vũ trang địa phương, đáp ứng yêu cầu tình hình mới, ngày 8/9/1959, Tỉnh ủy Lào Cai ra Nghị quyết số 187 về thành lập Đảng ủy Công an nhân dân vũ trang Lào Cai. Năm 1972, thực hiện Chỉ thị 32 của Thủ tướng Chính phủ, các mục tiêu nội địa được chuyển giao cho Ty Công an đảm nhiệm, Công an nhân dân vũ trang làm nhiệm vụ chuyên trách bảo vệ biên giới.
Trải qua những năm tháng trực tiếp chiến đấu và xây dựng lực lượng, Bộ đội Biên phòng Lào Cai vừa làm vừa rút kinh nghiệm, từng bước nâng cao trình độ chính trị, quân sự, nghiệp vụ công tác biên phòng; không ngừng bồi dưỡng năng lực lãnh đạo chỉ huy thực hành trong chiến đấu và công tác. Trên cơ sở xác định các đối tượng tác chiến, xây dựng kế hoạch hoạt động công tác và thực hiện các biện pháp công tác nghiệp vụ, Bộ đội Biên phòng Lào Cai đã từng bước nâng cao chất lượng, hiệu quả công tác quản lý, bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới quốc gia và phát triển nghệ thuật tổ chức bảo vệ biên giới trong điều kiện cụ thể ở địa phương.
Mặt khác, do xác định đúng tính chất cuộc đấu tranh bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới và giữ gìn an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội khu vực biên phòng, Bộ đội Biên phòng Lào Cai đã linh hoạt tìm ra nhiều cách đánh phù hợp với khả năng trang bị và có đối sách thích ứng với từng loại đối tượng. Rất nhiều trận đánh tiêu biểu, vừa đánh địch bằng súng đạn, vừa bằng mưu trí, vừa bằng pháp luật và cả phẩm chất đạo đức của người chiến sĩ cách mạng, như vụ việc xưng vua ở xã A Lù, huyện Bát Xát (năm 1959); vụ nổi phỉ ở xã Pha Long, huyện Mường Khương (năm 1960); vụ truy lùng biệt kích, thám báo ở xã Chiềng Ken, huyện Văn Bàn (năm 1963); cùng vô số chiến công trong bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới.
Sau khi hoàn thành việc phân giới, cắm mốc năm 2007, Bộ đội Biên phòng Lào Cai được giao nhiệm vụ quản lý, bảo vệ đoạn biên giới dài hơn 182 km, gồm cả biên giới đất liền và biên giới đường sông, suối với 127 cột mốc quốc giới. Trên tuyến biên giới có 11 đồn biên phòng, 2 cặp cửa khẩu quốc tế, 2 cặp cửa khẩu phụ và 7 cặp lối mở. Các cửa khẩu, lối mở có vị trí quan trọng trong đảm bảo quốc phòng, an ninh và tạo thuận lợi cho phát triển kinh tế - xã hội 2 bên biên giới và quốc tế.
Về chất lượng đội ngũ cán bộ bộ đội biên phòng cũng không ngừng được nâng cao, khoảng 80% quân số là sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, đông cán bộ có trình độ tiến sỹ, thạc sỹ. Những kiến thức nghiệp vụ chuyên ngành không ngừng được cập nhật, bổ sung, giúp nâng cao trình độ năng lực, đáp ứng yêu cầu và nhiệm vụ mới. Đội ngũ cán bộ, chiến sĩ có bản lĩnh chính trị vững vàng, kiên định mục tiêu, lý tưởng của Đảng, trung thành với Đảng, Tổ quốc và Nhân dân.
Lực lượng Bộ đội Biên phòng Lào Cai đã thực hiện tốt các nhiệm vụ chính trị được giao, trong đó đã chủ động làm tốt công tác nghiên cứu, tham mưu, đề xuất với tỉnh, với cấp trên về những chủ trương, đối sách xây dựng, quản lý bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới. Bộ đội Biên phòng Lào Cai cũng tổ chức tốt công tác tuần tra, kiểm soát bảo vệ biên giới, phòng, chống xuất - nhập cảnh trái phép, đồng thời phối hợp với lực lượng bảo vệ biên giới nước bạn thực hiện nghiêm các hiệp định, quy chế biên giới. Khi dịch Covid - 19 xảy ra và có diễn biến phức tạp, lực lượng Bộ đội Biên phòng đã vượt qua mọi khó khăn, hiểm nguy, kiên cường bám trụ tại các chốt, cùng với cấp ủy, chính quyền địa phương và đồng bào các dân tộc biên giới kiểm soát, ngăn chặn thành công dịch bệnh.
Các đơn vị biên phòng thường xuyên nắm chắc tình hình, phối hợp chặt chẽ với cấp ủy đảng, chính quyền địa phương và các lực lượng khác giải quyết kịp thời, hiệu quả các tình huống xảy ra trên biên giới, cửa khẩu, lối mở. Các đơn vị thực hiện nghiêm quy định về sẵn sàng chiến đấu; tham gia diễn tập tại địa phương đạt kết quả cao. Cùng với đó, Bộ đội Biên phòng Lào Cai tập trung đổi mới công tác tổ chức, phương pháp huấn luyện theo phương châm “cơ bản, thiết thực, vững chắc”; coi trọng huấn luyện đồng bộ, chuyên sâu, sát thực tế; chú trọng huấn luyện giáo dục chính trị, nghiệp vụ quản lý, bảo vệ biên giới, cửa khẩu, chiến thuật, sử dụng thành thạo các loại vũ khí được trang cấp và điều lệnh đội ngũ cho bộ đội với 100% quân số có kết quả kiểm tra đạt yêu cầu trở lên, 98,6% quân số khỏe.
Từ khi Bộ đội Biên phòng Lào Cai được thành lập đến nay, đã có 4 đơn vị được Đảng và Nhà nước tuyên dương danh hiệu “Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân”, gồm: Đồn Biên phòng Cửa khẩu Quốc tế Lào Cai, Đồn Biên phòng Tả Gia Khâu, Đồn Biên phòng Pha Long (được tuyên dương 2 lần) và Đại đội cơ động. Ngoài ra, có 3 cá nhân là đồng chí Lê Khắc Xuân, liệt sĩ Võ Đại Huệ và liệt sĩ Quách Văn Rạng được tuyên dương danh hiệu “Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân”.
Trong giai đoạn tới, Bộ đội Biên phòng Lào Cai tiếp tục quán triệt sâu sắc các kết luận, đề án của Đảng, Nhà nước, Quân ủy Trung ương, Bộ Quốc phòng, Đảng ủy Bộ đội Biên phòng về nhiệm vụ quân sự, quốc phòng; chủ động đổi mới, sáng tạo, quyết tâm hoàn thành nhiệm vụ theo tinh thần “7 dám” của Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng, gắn với đẩy mạnh học tập, làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh và cuộc vận động “Phát huy truyền thống, cống hiến tài năng, xứng danh Bộ đội Cụ Hồ” thời kỳ mới.
